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跨境网站系统开发时，常用的开发语言包括但不限于以下几种：

1. Java：Java是一种广泛使用的网络开发语言，拥有成熟的Web应用服务器如Tomcat、JBoss，以及商业化的服务如WebSphere和Weblogic。Java开发的程序在安全性上较高，因为用户拿到的只是编译好的class类，无法看到完整的源代码。

2. .NET：.NET是微软的WEB开发平台，其中ASP.NET是一个应用实现框架，主要用于前台开发技术。C#是一门完整的语言，与Java类似，也可用于.NET平台的后台开发。

3. PHP：PHP是一种开源脚本语言，特别适用于Web开发，并且拥有广泛的社区支持。它与多种数据库如MySQL配合良好，常用于快速开发动态网站。

4. Python：Python是一种高级编程语言，因其简洁的语法和强大的库支持而受欢迎。在Web开发中，Python可以通过框架如Django和Flask进行快速开发。

5. JavaScript：JavaScript是一种用于网页交互的脚本语言，通过Node.js等技术，JavaScript也被用于服务器端的开发，实现全栈开发。

6. Ruby：Ruby是一种简单而强大的服务器端脚本语言，其Ruby on Rails框架提供了一种快速开发Web应用程序的方法。

在选择开发语言时，需要考虑项目需求、团队熟悉度、社区支持、性能要求以及未来的可维护性等因素。